San Juan es la provincia más seca del país. Tiene como principales fuentes de abastecimiento el agua que llega a través del Río San Juan, que se alimenta de las precipitaciones níveas. Al Río San Juan se le suman los reservorios subterráneos, que guardan agua de vital trascendencia para el desarrollo de la vida en la provincia.
El Río San Juan es el más importante de los ríos de la provincia que escurre de oeste a este y nace en Las Juntas de la confluencia de los ríos Castaño por el norte y Los Patos, por el sur; que a su vez son colectores de una importante red de afluentes que tienen sus cabeceras en las altas cumbres cordilleranas, en jurisdicción del departamento Calingasta.
La cuenca del río San Juan ocupa una superficie de 38.462 km², que representan alrededor del 45 por ciento de la superficie de la provincia. El principal río de la provincia nace a más de 4.000 metros de altura y desciende hasta los 650 metros en el Valle de Tulum, área en la que se encuentra la ciudad de San Juan y el grueso del asentamiento humano y productivo. En el mismo valle se localizan los oasis de Ullum y Zonda.
El desnivel de más de 3.000 metros lo tornan un río impetuoso que se aprovecha para la generación de energía a través de tres diques con sus respectivas usinas, Ullum, Punta Negra y Caracoles. Un cuarto embalse, El Tambolar está en la primera etapa de su construcción y un quinto, El Horcajo está en proyecto de ejecución en las nacientes mismas del río.
El San Juan es parte de la cuenca del río Desagüadero, tiene una longitud de 500 kilómetros y registra un caudal medio anual de 62 m³/seg. de acuerdo al aforo tomado en el kilómetro 47 del camino a Calingasta.
En coincidencia con la temporada de los deshielos cordilleranos, los máximos caudales de esta corriente de agua se registran entre fines de octubre y marzo, con los picos más altos a fines de diciembre.
Aguas subterráneas
Una parte del agua que transportan los ríos se filtra en la tierra a través de los intersticios de las rocas acuíferas y se acumulan en las napas freáticas.
En un medio donde el agua es un elemento escaso, los caudales subterráneos son aprovechados por el hombre que, mediante bombeo lo extrae hacia la superficie para reforzar los volúmenes necesarios para la vida de la provincia.
Bajo nuestros pies existen grandes depósitos de agua que pueden ser tan cuantiosos como los que corren por la superficie. Tales acumulaciones han sido estimadas en 12 millones de hectómetros.
A los efectos de aprovechar el recurso subterráneo, la provincia ha construido distintas estaciones de bombeo o baterías de pozos localizadas en sitios estratégicos.
La provincia cuenta con 11 baterías de pozos. Son ellas: Benavidez, San Martín, Santa Lucía-9 de Julio, Rawson-Pocito, Sarmiento, Zonda, Jáchal, Mogna, Huaco, Iglesia y Valle Fértil, con un total de 235 perforaciones, que están en condiciones de aportar un caudal máximo de 13 m³/seg.
A nivel privado en la provincia existen alrededor de 8.000 perforaciones más con un caudal medio de entre 100 y 105 m³/h. que se emplea mayormente para el riego de cultivos.