El Verdinegro fue fundado el 5 de marzo de 1947, en el barrio municipal del departamento Centro Sur del Gran San Juan. Las personas que delinearon el proyecto fueron varias y no entraron mucho en la disputa del nombre, sino que se pensó en combinar el club con el del prócer y así llamarlo, Club Atlético General San Martín.
Con el correr de los años fueron pasando jugadores históricos y dejando su huella en el equipo Verdinegro. Los dirigentes también construyeron su camino y constituyeron legados importantes para que las comisiones venideras puedan comandar el barco.
En 2016 iniciaron varias obras en el club, como el cierre perimetral, el olímpico, camarines, baños y hasta las cabinas de transmisión con iluminación. En cuanto al campo, se pudo hacer el trabajo para que el riego de la cancha de haga por aspersión.
El Club Atlético General San Martín logró jugar su primer Federal en el 2017, pero por circunstancias deportivas, quedó eliminado. Después de varios intentos y mucho laburo incansable de sus dirigentes y jugadores, este año pudo alzarse con su primer título en su historia.
Después de 76 años, gritó campeón de la Liga Sanmartiniana Caucetera, tras ganarle 2-0 a Angaqueros del Sud, con goles de Ignacio Espejo y Marcelo López.
Su presidente Federico Vera logró unirse y formar una sub comisión de apoyo, junto a Francisco 'Paquito' Césped. Estos hombres son muy reconocidos en el ambiente verdinegro, ya que se los señala como los que le 'dieron vida' al club de San Martín, recientemente campeón de la primera categoría.
El Club Atlético General San Martín escribió su primera página dorada en sus 76 años de vida