Los archivos cuentan que era la tarde del 27 de septiembre de 1907 cuando todo se creó. La esquina de 25 de Mayo y General Acha fue el punto de concentración. Allí, en la peluquería de Don Octavio Alcotta, un grupo de jóvenes entusiastas y amantes del fútbol se reunió con el fin de crear al Club Atlético San Martín. Los que llevaban la iniciativa eran, entre otros, los hermanos Ormeño, Lubejildo Coll y Matías Cuello. Los muchachos ya lo tenían todo decidido, pero faltaba darle forma a las cosas y que la gente empezara a conocer el proyecto.
Todos los muchachos pertenecían al Atlético de la Juventud. Una noche discutieron dos grupos numerosos luego de un cumpleaños de 15. La bronca nacía entre los que vivían para el Norte de la 25 de Mayo (que en tono burlesco les decían los "negritos") y los que estaban para el lado del centro (que se arrogaban como los "pitucones"). Luego de la discusión, los "negritos" tomaron una decisión: irse del club y formar otro. Las coincidencias fueron rápidas. Tanto que hasta decidieron el nombre y los colores del nuevo club. Se llamaría San Martín y la camiseta sería negra y verde. El primero porque ellos eran los "negritos" y el segundo porque siempre fue el color esperanza. Y desde ahí se llegó a la histórica reunión en la peluquería de Don Alcotta, a quien se lo eligió como el presidente honorario, aunque el primer titular del club sería don Amador Navarro.
Lo primero que pactó el grupo fundador fue hacerse conocer por la sociedad sanjuanina. Entonces, organizaron torneos de fútbol e invitaron a los clubes Belgrano, Sarmiento, Estudiantes de Fruticultura (que luego pasaría a llamarse Sportivo Desamparados) y Pacífico, para que participaran.
El primer partido oficial, según los apuntes, fue ante Sarmiento y el Verdinegro ganó 3-1. "San Martín tiene un juego afiligranado y científico", dijo el diario local "El Noticioso", con conceptos de aquella época.
Recién dos años después, ya insertado en el mundo futbolístico local, San Martín jugó en la plaza San Pantaleón (en Mendoza y San Luis, donde después se construyó la escuela Belgrano y hoy aún funciona el edificio del Ministerio de Educación) su primer partido interprovincial. Fue ante Arenales, de Capital Federal.
En ese año, 1910, logró su primer título sanjuanino -aventajando por puntos a Atlético de la Juventud y a Juventud Mendocina, sus dos principales rivales- y también otros seis trofeos, convirtiéndose ya por entonces en un club popular.
Para San Martín, la vida social por esos días era fundamental, entonces sus dirigentes organizaban fiestas.
En el año 1913 rompió relaciones con Atlético de la Juventud. Algunos directivos estaban muy enojados con sus rivales después de un partido conflictivo aunque otros no coincidían con la medida y se los consideró "rebeldes". Benjamín Conturso -por ese entonces el presidente- organizó una fiesta aniversario y convocó a esos rebeldes, tales como Vicente Coralli, Mauricio Ventimiglia, Gregorio Ormeño, José Pérez, Emilio Enrico y Amaro Garay. Esa medida venció a los denominados integrantes del "Círculo de Hierro" (los dirigentes conservadores y enojados con Atlético) y se olvidaron los rencores. La fiesta fue en la casa de don Aristóbulo Murúa, lugar que después fue preparado para las asambleas generales, donde existía una especie de bufete y además se practicaba esgrima y boxeo.
Otra anécdota risueña del día de aquella fiesta reconciliadora, fue que se presentaba una exhibición de lucha greco-romana entre José Pérez y Bosco Zarich, pero en plena actividad los muchachos se enojaron y terminaron a las piñas.
El primer campeonato a nivel liga
En el año 1921 se creó la Liga Sanjuanina de Fútbol y San Martín fue el campeón de ese año. Los diarios de aquella época -"Debates", "Nueva Era" y "Diario Nuevo"- elogiaron al equipo Verdinegro y lo consideraron como el merecido campeón.
Con una derrota (ante Atlético de la Juventud por 2-1) y cinco triunfo -entre ellos a Pacífico, Desamparados y la revancha con Atlético- integraron ese plantel por Ignacio Luis Saavedra, Angel Cáceres, Segundo Cabaña, Norberto González, Pedro Gil, Severo Riveros, Carlos Díaz, Tomás González, Isidro y Alberto Garramuño, Carlos Dávila, Alexis Juárez, Toribio Zapata y Gabriel Calívar, entre otros.
En 1968 clasificó a un Torneo Promocional junto a equipos directa e indirectamente afiliados a la AFA, obteniendo el tercer puesto entre ocho equipos.
Participó en el Torneo Nacional 1970 de Primera división, quedando en el último puesto del Grupo B, entre diez equipos, con 4 victorias, 5 empates y 11 derrotas.
Logró dos ascensos a la B Nacional (1991 y 1995) y se convirtió en el único equipo de San Juan en lograr el histórico ascenso a la Primera División del fútbol argentino en 2007, ganando de local a Huracan de parque patricios por 3 a 1.
En la temporada 2010/2011, el equipo termina bien posicionado, tercer lugar de la tabla general y en un lugar de promoción para ascender. El domingo 26 de junio de 2011 recibo de local a Gimnasia Esgrima (LP), que había terminado el torneo empatado en puntos con Huracán; a quien venció en un desempate jugado en la cancha de Boca. El partido terminó 1 a 0 con gol de Roberval. En el partido de vuelta el 30 de junio de 2011, visitó a Gimnasia Esgrima (LP) en el Bosque Platense, abriendo la cuenta Sebastián Penco para el verdinegro y empatando para el tripero Vizcarra. El encuentro terminó 1 a 1, con resultado global de 2 a 1 en favor de San Martin. De esta manera el verdinegro logra el ascenso a la primera división y decreta el descenso del Lobo a la B Nacional.
La tarde del tercer ascenso a Primera en 2014. El 7 de diciembre y por la última fecha del Torneo B Nacional, San Martín definía su historia contra Ferro. Una victoria lo llevaba a Primera División de forma directa, mientras que un empate o una derrota hacía que dependiera de resultados de otros equipos.
San Martín salió decidido y a los 3’ López reventó el travesaño con su cabezazo. Y la revancha le cayó sobre los 6’, cuando Figueroa encaró con pelota dominado, dejó en ridículo a Páez y metió el centro para el frentazo de López que abrió la tarde en Concepción con el 1-0. El Santo se sacó la presión y el nerviosismo de entrada y pudo hacer su juego. Volvió a triunfar y a convertir tras 5 partidos.
Lo que vino después fue un convencimiento que el partido estaba a pedir del local. Ganó las segundas pelotas, fue profundo y desnudó falencias en Ferro. Que tuvieron el segundo premio sobre los 21’, tras la habilitación precisa de Rodrigo Alaniz para dejar mano a mano a Figueroa, quien definió cruzado y el estadio estalló.
Ferro solo insinuó con centros por la altura de sus jugadores, pero al no tener peligro la gente ya empezó a cantar y a celebrar el ascenso. Más cuando en el complemento el Verdinegro siguió dominando y ahogando a Ferro. Ingresó Carlos Bueno y en la primera casi anotó el tercero, pero lo cerró Milano definiendo cruzado a los 23’, para después festejar el ascenso y el regreso a primera.
El histórico paso a los cuartos de la Copa Argentina
San Martín se juega su historia ante San Lorenzo de Almagro por Copa Argentina. Eliminó a Argentinos Juniors en octavos y clasificó a los cuartos, partido que se disputará el miércoles 4 de octubre desde las 17:10hs en el Estadio Mario Alberto Kempes.
Es la primera vez en su historia que el Verdinegro juega una instancia como estas y compitiendo también en Primera Nacional por un ascenso nuevamente a la máxima categoría del fútbol argentino.